生物酶对于解决造纸工业的污染、降低能耗具有十分显著的成效。造纸工业用酶种类有纤维素酶、半纤维素酶、木素降解酶、淀粉酶、脂肪酶、果胶酶、漆酶，其中应用较多较重要的酶为纤维素酶、半纤维素酶、果胶酶、漆酶及脂肪酶。造纸过程产生的环境污染物是大量化学品，生物酶可以取代化学品，减少排放、降低污染。
——废纸制浆造纸的应用
使用生物酶对废纸脱墨，每吨浆只用到200~300g就取得理想脱墨效果。相比于化学法脱墨，处理每吨废纸可直接降低双氧水30kg，化学螯合剂3kg，硅酸钠20kg，烧碱20kg，降低COD和BOD值50%以上，综合成本降低50元/t以上。
——生物酶用于胶黏物的处理
使用脂肪酶能分解断裂树脂组分中的甘油单双三脂的脂键， 能够降低胶黏物粒子的黏性达30%;提高纸机效率，且不会对浆料的物理性能产生不利影响;提高成纸质量。
——原生木浆制浆造纸的应用
生物酶可对树脂进行控制：生物酶处理树脂中的非极性成分(甘油三脂)水解成游离脂肪酸和甘油等。基本上解决了树脂沉积问题，减少了纸页断头和纸机清洗次数，增加了纸机的正常运行时间和产量 ，改善了浆的白度和强度，延长毛布和网的使用寿命，减少木材存储，加快资金周转，改善操作环境。
——打浆应用
与原打浆工艺相比，吨浆添加生物酶100~-300g，即可省磨浆电耗50~100kWh/t浆;减少纸浆中针叶木长纤维的使用比例5%;直接降低成本达30元/t以上;减少纤维流失，纤维留着率提高1个百分点以上;COD间接减少20%(废水中的细小纤维减少)。
——成纸施胶
生物酶可替代造纸行业普遍应用的化学氧化法制得的变性淀粉，使用施胶酶120g即可完全替代氧化剂处理每吨淀粉所需的500g氧化剂，大大减少化学品对设备的腐蚀和对环境的污染;COD间接减少20%以上;成本每吨直接降低40元以上。
——污水处理
化学品的不用或少用也减轻了企业对废水处理的负荷;生物酶与微生物共同进行污水处理，提高了BOD，COD和各类有毒物质的生物降解; 改变悬浮有机固体的物理结构使之迅速分离，减少污泥量的产生;降低废水色度，提高水质;降低了污水处理的投资成本和运行成本。